Idrætsefterskolen Grønsund startede i 1992 i Bogø Kostskoles hovedbygning Borgen, der havde været benyttet til kostskoledrift siden 1893. Det var seks medarbejdere fra kostskolen, der designede idrætsefterskolen. I februar 1992 kom den selvejende institution til at hedde Bogø Kostskole/Idrætsefterskolen Grønsund.

Der var i starten plads til 54 elever. Dette tal blev i 2005 udvidet til 64, da Villa Dana, der ligger over for skolen, blev benyttet i et år. I 2006 blev kostskoleafdelingen Quartus
til idrætsefterskole og elevtallet øgedes til det nuværende 92. I 2008 blev Quartus byttet ud med afdeling Noa og idrætsefterskolen var nu samlet. Fra skoleåret 2010/11 vil skolen endnu engang blive udvidet. Denne gang vil der blive yderligere 42 elever hvoraf 36 skal bo på afdeling Paw.